Según la Corte Constitucional y la ONIC, de los 115 pueblos indígenas en el país, 68 se encuentran en situación y riesgo de exterminio físico y cultural a causa, entre otras, del conflicto armado interno y las actividades económicas en sus territorios.
Los pueblos indígenas han sido históricamente desconocidos, violentados y discriminados; las prácticas y períodos continuos de violencia en los diferentes procesos de la colonización en sus territorios han generado muerte física y cultural, genocidios y etnocidios que hasta la fecha siguen dejando secuelas en sus realidades e imaginarios sociales.
De acuerdo a la Unidad de Víctimas, de 1.905.617 indígenas censados por el Dane en 2018 (4.4 % de la población colombiana), al menos 384.886 indígenas han sufrido afectaciones por las confrontaciones armadas y por la violencia perpetrada contra ellos, directa o indirectamente, por parte de grupos armados.
La Consejería de Derechos de los Pueblos Indígenas, Derechos Humanos y Paz, documentó que entre noviembre de 2016 y julio de 2017, posterior a la firma de los acuerdos entre el Gobierno y las FARC, ocurrieron 4.508 casos de violaciones a los DD. HH. e infracciones al Derecho Internacional Humanitario en territorios indígenas. Incluso antes, durante los diálogos, fueron asesinados 58 indígenas.
Estos pueblos, en su mayoría, se ubican en áreas dispersas de difícil acceso, lo cual es un factor determinante que explica el peligro al que están expuestos, y se suma a la ausencia del Estado colombiano en estos territorios, que carece de capacidades para desarrollar un control efectivo que les permita vivir en paz a estas comunidades.